Der Name Vohburg (früher: Voheburch, Vohenpurg, Voheburg) bedeutet "Fuchsburg, weshalb die Stadt im Wappen einen springenden Fuchs führt. Das älteste Wappen Bayerns stammt aus dem Jahre 1477 und kann im Burgtor und im Rathaus besichtigt werden.

Im Jahre 1973/74 kamen auf dem Burgberg Scherben und Gefäßfragmente ans Licht, die vom Landesamt für Denkmalpflege (LfD) der frühen bis mttleren Bronzezeit zugeordent wurden. Der Burgberg war demnach bereits um 1500 v. Chr. bewohnt. Erdabschürfungen legten umfangreiche Grundmauern der einstigen "Vohburg" frei.

Um 895 (Karolingerzeit) wird eine "größere befestigte Hofanlage" auf dem Burgberg erwähnt, die einem Pernhard de Vohapurch gehörte. Aus ihr entwickelte sich die Ur-Vohburg. Von 911 - 1081 sind hier die Grafen von Vohburg nachzuweisen. Durch Heirat kamen dann die Markgrafen der Diepoldinger in den Besitz der Burg. Diepold II. hat das Egerland (provinzia egere) dem Deutschen Reich angegliedert. Die Vohburg wurde dreimal zerstört: 1104, 1315 und 1641.

Ab 1204 war die Burg im Besitz der Wittelsbacher. Elisabeth, die Tochter von Herzog Otto des Erlauchten, heiratete hier 1246 den Hohenstaufenkönig Konrad IV. Vohburgs "Hohe Zeit" war unter Ludwig dem Strengen. Der Herzog hatte auf der Burg nachweislich von 1291 bis 1294 die Verwaltungszentrale seines gesamten Hoheitsgebietes eingerichtet. Sämtliche Münzsteuern des Landes flossen nach Vohburg, das damals mehrfach als "Stadt" erwähnt wird.

1414 baute Herzog Ernst von Bayern die seit 1316 zerstörte Veste wieder auf. Sein Sohn Albrecht III. bewohnte sie von 1431 bis 1435 mit der schönen Augsburger Baderstochter Agnes Bernauer und heiratete sie heimlich gegen den Willen seines Vaters. Angeblich entsprossen dieser Ehe zwei Kinder, Albrecht vom Hofe und Sibylle.

Nach dem Tod der Bernauerin im Jahre 1435 und nach der endgültigen Zerstörung der Burg 1641 durch die Schweden siechte der Glanz Vohburgs dahin. Es nannte sich wieder "Markt". 

1952 wurde Vohburg wegen seiner geschichtlichen Vergangenheit, seines städtischen Gepräges und seines Aufbauwillens wieder zur "Stadt" erhoben.

Durch die Ansiedlung einer Erdölraffinerie (1963/67) und eines Dampfkraftwerkes wurde eine deutliche Aufwärtsentwicklung eingeleitet. 

Mit der Eingliederung der ehemaligen Gemeinden Dünzing, Hartacker, Irsching, Menning, Oberhartheim und Rockolding in den 1970er Jahren hat sich das Stadtgebiet von 483 ha auf 4515 ha vergrößert.